由于光明界势力的全力出击，再加上持有权杖的四极龙和持有轩辕剑的黄帝，黑暗军团虽然人多势众力量强大，但现在也已招架不住逐渐溃败，战争的天平也逐渐向着正义一方倾斜，这之中也有很多正义一方的大神和战士们牺牲，例如光明界八大神王中的东龙吟和西霹雳两位神王，自此八大神王就只剩下六位。但由于一时间难以找到彻底消灭魔帝的方法，而凡间生灵已经死伤无数，各界反抗力量也已经损失惨重，所以为了制止他继续给三界带来浩劫，黄帝、四极龙、上古天帝、树王兽王等各界各族领袖齐聚一堂讨论抑制魔帝的办法。在四极龙将他所掌握的关于魔帝和光明核心的一切都公之于众之后，黄帝说现在最重要的不是想怎么消灭魔帝而是如何尽快终结战争，他想出一个办法，由于魔帝的法力太强，要想跳过消灭魔帝这一关直接达到终结战争的目的，还是要擒贼先擒王，但不一定要现在消灭他，为今之计只有先给予魔帝以重创，趁其虚弱之时将其法力分解抽取并分别封存，暂时先将力量亏空的他封印住，这样一来黑暗军团就不足为惧了，等击败黑暗军团世界安定下来以后再慢慢想办法消灭魔帝。大家都觉得此计甚妙，但天帝看魔帝力量强大异常，还有负能量神器黑暗令牌傍身，而且依照四极龙所说光明核心的力量还不能完全发挥，遂疑惑如何给予其致命一击。黄帝说轩辕剑和日冕神杖这两大光明神器的法力应该可抵黑暗令牌，月神星神及光明界的众神王、天界所有位列神班一等的上古大神、东西南北四大灵兽、人间的五行神将再加上各界各族的首领联手出击，合三界之力应该可以给魔帝一记重击。最后四极龙说还是有风险，虽然现在四极龙并不知道黑颅骨可以脱离魔帝身体，但他知道魔帝很聪明，当年他就是因为预料到三神会来扼杀自己而提前封闭黑暗之门逃过一劫，遂表示一定要先以迅雷不及掩耳之势限制住魔帝的行动，打他个措手不及，才能让封印和力量抽取顺利进行。
就在众人研究封印阵法中力量抽取的阵术一筹莫展的时候，四极龙手下的太极大帝和通过灵界从黑暗军团中偷跑出来的月灵将军月辉前来献计，月辉介绍了自己的真实身份、所有有关魔帝统一魔界的事情以及自己的立场，她见众人仍有怀疑，便让擅长心灵力量的上古月神窥探自己的思想，确认自己是真心相助的，而太极大帝和四极龙早先也听说过她，众人便接受了她的好意并请她入列。月辉说她卧底于黑暗军团是为了等待机会联合正义力量击败魔帝，她知道魔帝是一个超越了民族和种族界限的存在，是负能量的具象体现，因此要想抽取魔帝的力量，光依靠东方世界的法力还不够，还需要西方魔法的配合。但众人都是东方的大神，对西方的法术不甚熟悉，她说没关系，她此行就是为了给诸位大神排忧解难，自己曾经藉由灵界去过西方魔界，对西方魔界的文化以及各种法阵略知一二，她知道在西方世界有一种六芒星阵法，可用来召唤恶魔运作黑暗力量，也可用来作为封印阵术封印恶魔，关键是看施加在阵法上的法力是正义还是邪恶。可将六芒星阵置于大阵中的中央核心位置，而且如果要抽取力量，只要将魔帝控制在阵中心六芒星正中央的位置，就可以通过这六芒星阵作为过度阵法来将魔帝的力量分解成六份抽取到六个星角上，这时黄帝说月灵将军的这个六芒星阵抽取法用的妙，其六角之数正好与东方世界东西南北天地这六方之数相吻合，我们可以把代表六方之力的精元化作六件神器放置在六个阵角，用以封存魔帝被抽取出的六份法力，六个角、六方神器，的确是完美的布置，四极龙和其他人也肯定了此法。月辉说自己愿意亲自布这个六芒星阵，但希望众神可以帮她从外表到元神彻底隐身，避免她暴露身份，因为如果在封印效力结束前还没能够消灭魔帝，魔帝复出后必然报复于她，届时自己定会形神俱灭。天帝笑月辉怕死，月辉说并非怕死，而是自己作为灵界的引导灵，现在还不能死。四极龙答应了她的请求，但月辉说这是一招险棋，因为六芒星阵的正邪是看施加在上面的法力的正邪而定的，所以很容易被黑暗力量污染魔化，虽然这个阵法可以说是目前大家能想到的唯一方法，但由于要对付的是魔帝，此阵法的使用风险也变得极高，一是魔帝黑暗法力强大无比，足以将施加在六芒星阵上的正能量变成负能量，从而反向控制整个法阵，甚至可以反借此阵来毁灭布阵的施法者；第二是就算我们想出办法抑制住魔帝的法力，也保不齐魔帝可以借助残存的法力魔化六芒星阵，再借助这个法阵取回自己被夺走的力量，这样一来对时间的把握在这次行动中变得至关重要。太极大帝想出一个办法以解决这个六芒星容易被反噬的问题，那就是自己运用太极阴阳之力趁六芒星阵出现之前就在中央法阵圈内施加一个具有咒封效力的太极咒印，一来对魔帝进行一个保险的咒封，二来一旦咒封不成还可以通过太极阴阳相互转化相互克制的道理化解魔帝残存的些许法力，这样就能保护六芒星阵不被魔帝反噬成邪阵，确保行动万无一失。
于是在月辉和太极大帝的协助下，人、天、光明三界领袖黄帝、天帝和四极龙共同绘制出这个一箭三雕的封印阵法的阵图，通过这一个阵法就能同时达到限制魔帝行动、抽走其法力、再将其封印的目的。这封印大阵的结构分为三层，最外层是由五行神将布下的五行大阵调整而成的用于封锁魔帝行动能力的法阵（由于魔帝不在五行之中，因此要先用五行大阵攻击它，同时为其法体打上五行咒印，而后再反向运作阵法，对其法体进行五行之力的束缚），里面一层是由上古时期分别主掌东西南北四方的四大灵兽布下的四象灵兽阵调整而成的用于对魔帝的法力、元神和黑暗能量进行封锁和分割以便抽取的法阵，最内层是太古日月星三神，即四极龙、太古月神和太古星神这三位太古大神布下的对魔帝力量的抽取法阵，最内层法阵圈内的中央法阵是由太极大帝施加的太极咒印和月辉布下的六芒星阵叠加起来的阵法所组成，是用于接引三阵法力直接进行抽取和封印的中介阵术。此阵法可以把魔帝的力量分成六份，为了储存和抑制分解开的魔帝的力量，按照黄帝的设想，青龙、白虎、朱雀、玄武四大灵兽用自己的法力精元凝炼出四件神兵，分别是青龙刀（东）、白虎盾（西）、朱雀旗（南）和玄武枪（北），和日冕神杖（天）及轩辕剑（地）一起作为六件储存和封印魔帝力量的神兵。这六件神兵分别代表了东、西、南、北、天、地这六大方位，正好可以安放在六芒星阵六个阵角的位置，以这些神兵本身的正义法力抑制和封印分割后存于其内的魔帝的黑暗力量。但还有一件事，布阵之前需要先压制住魔帝再集合众人力量给予致命一击使其虚弱下来，如此才能使其可以被大阵束缚住，而这就需要可以操控两大光明神兵的黄帝和四极龙联手合力同魔帝战斗，但黄帝不论怎么说也是人身肉眼凡胎的，虽然持有轩辕剑，可就这样以凡体和魔帝比拼很容易有生命危险，于是守护中华大地的中央土位上古神兽，即化身于黄河中的大地黄龙闻讯后决定附身于黄帝祝他一臂之力，使得黄帝的生命与神州大地融为一体，以大地浩气之力保护和支持黄帝来对抗魔帝。由此一来，万事俱备，只待和魔帝最终一战。
封印行动开始，众神攻入魔界直捣暗黑魔宫，四极龙和黄帝联手在魔宫对抗魔帝，二人的法力都发挥到了极限，依仗两大光明神器合力终于是压制住了持有黑暗令牌的魔帝，并用法力攻击魔帝，逼迫魔帝以令牌运作法力与之相抗衡，然后在一旁枕戈以待的众神趁此胶着的机会合力一击重创魔帝，强大的冲击力将其震退跌坐到身后的王座上，并且震飞了他的黑暗令牌。本来四极龙和魔帝都欲将令牌收回自己手里，但令牌被震飞脱手的一瞬间被吸血鬼王抢走，之后引来魔帝手下的那些一直觊觎令牌力量的群魔的疯抢，由此引发了一场激烈的争夺战，之后邪咒女王好不容易用心灵力量将令牌抢到手，却被魔帝的御林军大统领用大法力击伤而给夺了下来，之后立即在现场消失。这个大统领不是想号令谁，他只是服从魔帝的命令，等有朝一日将令牌完璧归赵还给魔帝，因为他是魔帝用黑暗令牌以黑暗能量所创造的，其思维也是魔帝赋予的，就像是一个执行魔帝任务的傀儡，是魔帝的忠实奴仆，属于黑暗界的造物而并非魔界，可争夺战结束的同时，封印也顺利完成了，统领只得独自保存令牌，将来等合适的时候就归还魔帝。令牌被鬼王抢走之后众神也来不及去夺取令牌了，大局为重令牌可以日后慢慢去找，先封印魔帝要紧，趁魔帝失去令牌且法力虚弱，众神按计划布下封印法阵，但就在最外围的五行大阵布置成功限制住了魔帝的行动力之时，魔帝做出了一个让正邪双方所有人都没有想到也没有觉察到的事情，再一次挽救了自己，同时也欺骗了所有人数千年，直至震远等人再次布阵才揭露真相。
其实早在在众神打进魔宫的时候魔帝就已经做了充足的思想准备，他想众神都不是自己的对手，敢这样大举进攻一定是有备而来，据自己在魔界发展时对各界的了解，魔帝分析对众神而言，既然一时无法消灭自己，那么最佳的选择就是封印自己，此次极有可能是要采取此类行动从而有充足的时间寻找消灭自己的方法。虽然魔帝对自己的力量十分自信，并不认为自己一定会中招，但他也考虑到了最坏的情况。所以魔帝做了两手准备，若是自己能取胜最好，若是战局不利，就得根据情况见机行事，被封印并不代表着自己必然失败，只要能够保全实力自己就不会失败，等有朝一日再谋大计。然而让魔帝没有想到的是令牌会遭到群魔疯抢，即便自己一直警惕着这些魔界的棋子，知道他们各有居心，但此刻已然身受重伤的自己已经是防不胜防力不从心，而极度混乱的争夺战和与诸神的法力纠缠战使得自己根本没有机会也无法分散精力去夺回令牌，当魔帝把注意力从令牌上转移回来时，众神已经开始布阵并顺利束缚住自己的行动力了。魔帝也就是黑颅骨自知如果现在还是什么都不做虽然不会被消灭可还是会陷入非常被动的艰难处境，于是为了给自己留条后路，在最外层法阵布置好他感到行动力被制约时，黑颅骨抢在第二层束缚他法力的法阵布成之前的时间间隙将本体的全部法力、元神和足够完整的意识都留存在法身上，一来营造法力不减的假象让众神不会起疑，二来必须留下足够的法力和元神才能保证法身脱离了本体后身形不会消散、意识不会消失。而后本就自带意识的黑颅骨脱离了法身，并隐遁形体同时抑制住散发的能量和气息，迅速穿过黑暗之门进入黑暗界，直奔黑暗之渊最深处，如此一来黑颅骨也就是魔帝的本体和法身都可以独立行动，二者之间的意识链接即使跨越空间也可相互进行感应和控制。此举使得黑颅骨可以在黑暗界继续深化吸取强大的黑暗能量，凝聚更多的黑气，等有朝一日和法身重新合而为一，至于以后力量恢复到什么程度也只能走一步看一步将来再计划，最起码现在不会陷入完全被动的绝境。整个过程迅速而隐蔽，而且毫无破绽，所以此事谁也没察觉，包括对黑颅骨了解最多的四极龙，毕竟所有人都专心于布阵和魔帝，无暇察觉其他。最终布阵完成，阵法生效，魔帝的力量（法身的力量）被成功分成六份存入六件神兵，魔帝（法身）也化为石像被封印在他魔宫的王座上，可洞察力极强的魔帝还是察觉到了法阵中的六芒星阵有月辉的法力，由此他看破了月辉的立场，但自己此刻也做不了什么。
战斗结束了，失去了魔帝的控制后，魔将们纷纷离散，魔军分崩离析几乎湮灭殆尽，大阵的封印持续生效，而封印用的大阵也在魔宫大殿的地面上留下了不可磨灭的痕迹，至此以王座为中心四周地面上就留下了这封印法阵的布阵图，但这封印并非永久有效的，法阵的效力只能持续五千年，五千年后法阵自会失效，而且这个保质期还不包括外界因素对封印的影响和魔帝的持续冲击，不过众神至少还有几千年的时间来想出消灭魔帝也就是毁灭黑颅骨的办法。魔帝分离本体的举动并未造成自身法力空虚或任何异常，同时法身故作始料未及和绝望的情绪以及奋力挣脱的行为等各种身处当时的情境下应该自然流露出的正常表现，因而没有引起任何人怀疑，毕竟顺利封印魔帝本就是大神们所预计的应有结果，只不过没想到事实居然真的如此顺利。众神之中虽然有人的确曾经提出过怀疑，认为封印计划达成的有些太过顺利，但多番讨论后众神却谁也说不出其中哪个环节有什么破绽，久而久之也就没人再怀疑封印结局的真实性，更不会想到本体脱离法身进入黑暗界积蓄力量。四极龙虽然做过黑颅骨可能会利用布阵间隙丢弃法身逃脱这一可能以及其他诸如此类的猜想，以魔帝的心智是绝不会让自己陷入被动的，但从抽取出的力量来看其法力并无亏缺，而且魔帝在整个封印过程中的表现和反应也没有什么异常，所以只好和其他怀疑者一样最终作罢。其实众神的确把每个细节都分析到了，但他们缺乏对黑颅骨固有性质的深入了解，只是凭借自己的阅历和认知程度来看待和分析黑颅骨，就像四极龙在一开始短时间的接触没能探知出光明核心的真正本质一样，谁也想不到黑颅骨经过长期的迅速而高度地进化，已经发展出这种超乎常理的能力。此后这个秘密只有魔帝自己知道，而且又从未对外透露过，连他的手下都不知道，那些大神们就更无从知悉。