黄河大捷之后国内外军民士气高涨，震远借此机会重塑各国军队的互信度并将当年白枫父亲白刚将军团队研究出来对付邪咒女王的一系列装备投入量产分发给各分部，告诉世界军队不要害怕邪咒女王，继续保持对战友的信任，不能让一个邪咒女王破坏了我们人类之间的互信。天网行动不能半途而废，在人类军队暂作修整之后继续进行，只不过是从闪电战变为了短期持久战，至此信任光珠又被点亮了一半。得知震远他们打了胜仗并且成功把战芸救回来，当年负防组核心成员的卡尔意图前来天维希望重新回归负防局和众人一起战斗，而他父亲布莱克则碍于天维内高端的反监听技术因而近来监听行动变得愈发不方便，遂借此机会在卡尔的制服上安装了一个纳米监视器，这样可以利用卡尔的身份随时监听震远他们的一切密谈，不过卡尔并不知道这些，遂和迫切想重见女儿的战毅一同前往天维。自五年前负防组解体后震远、战芸和卡尔三人就再也没见过，如今三人难得齐聚震远请他们去天维的餐厅好好地吃一顿叙叙旧，之后震远说出他的很多困惑，虽然下一步就是远征北极取回黄金齿盘，但现在有很多问题没有搞清楚。皇甫钧将军的案子必须查清好给星廉他们一个交代，魔军内部好像也存在着几派势力，比如邪咒女王，虽然自己到现在还不知道她想干什么，但可以肯定她是和众人为敌的，而从北岳和灵界的事情来看，日轮将军和月灵将军好像和魔帝也不是一路的，不过他们却总是暗地相助自己等人，这一切都让震远头大，不过两人表示自己既然来了就可以像当年一样成为震远的参谋帮他分担这些事情。
这时世界上最大最先进的射电望远镜即中国天眼工程的fast设施收到一个来自距地球大约两百万光年的一颗行星的求救信号，而且是以人类的语言发送而来，发送源星球名叫佩斯星，说他们的星球正遭受猛烈攻击，希望地球人可以派兵援战，天维总部也捕获到了这一求救信号，知情后的震远决定前去救援，但这可不是他想去就去的。首先，人类目前可以突破大气层进入宇宙作战的只有龙王舰，其次这属于重大作战不是自己一个人说了算，要调龙王舰去遥远的外星援战就必须经过安理会军委会的同意，最重要的是地球现在也不安全，要去援战非得负防局众人出手不可，虽说大家刚刚取得黄河大捷，但就这样把天维的力量分散出去，一旦魔军再有所行动后果不堪设想。就在众人发愁时战毅从安理会带来消息，说安理会迫于人道主义精神愿意去救援（实则是布莱克将军说服安理会秘密派遣特工进入龙王舰以获取佩斯星的科技及相关信息，人道主义支援只是一个用来掩饰真实意图的幌子而已，此事在第二部被天维知悉），但他们又不想花费太大代价，所以决定把这个烫手的山芋扔给负防局（实则是借天维的力量获取利益），随后安理会批准龙王舰随众人出击援助佩斯星。震远虽然和大家一样对此决定感到高兴，可还是有所怀疑安理会动机不纯，追逐利益的政府没有甜头是不会出兵的，之后和白枫战芸等人在舰上短暂地提起此想法。震远预计魔帝不会任由他的负能量计划破产，极有可能会趁此机会再搞出什么新动作，所以令卡尔、兰羽和夏彤留守天维以防不测，卡尔毕竟是反法力部队的副统帅，作战和指挥经验都不亚于自己，而且留下了一半的天兵在总部，更有六将军镇守中国震远非常放心，于是众人由葛将军带领乘龙王舰携铁翼战机和银翼战机突破大气层，穿过佩斯星在地球附近开启的折越门前往目的地。到达之后众人才知道他们要对付的是一个来自名为黑暗宇宙的高次元空间的黑洞恶魔及其所生产控制的一群嗜血的异形体（政府派去的特工中就有第二部天启会的人，他们采集了异形体的细胞和基因样本，甚至把异形体的尸体也一并带回地球，为培育第二部中的负能体做准备），它们负责协助黑洞恶魔进食，主要是摧毁一切可能对黑洞恶魔构成威胁的事物，使其能够安全地吞噬星体及各种物质。早期佩斯星的科学家在测试空间折越实验的时候误入黑暗宇宙进行探索而致使黑洞恶魔尾随他们进入这个宇宙，并对他们的星球造成威胁，为了阻止黑洞恶魔的扩散和保卫星球，佩斯星人与之打了几个世纪的战争。战斗中，众人发现这些异形体的力量远比黑暗军团厉害，虽然不会施展法力，只靠纯粹的肉体施展物理攻击，但身体中却充盈着黑暗的灵气，应该是黑洞恶魔赋予它们的，这种灵气是它们的生命精华和力量的源泉，可惜佩斯星人只有抑制灵能的科技，而并没有抽取灵能的技术，不过只是如此也比人类的科技水平高太多了。异形体攻势猛烈，众人虽有法力但寡不敌众，不过在佩斯星部队和灵能抑制器（第二部中被政府获取，后被天启会利用来打击天维的法力者）的配合下，众人成功击退兵临城下的异形体大军。
另一面，天网行动仍旧继续进行，影刃王的部队只剩下万余人，可以说是彻底战败，他滞留人间不敢回魔界，魔帝也不再重视他的价值就放任他在人间好了。自从影刃王黄河会战反攻失败后，魔帝便彻底放弃了对夺回人间控制权继续在人间进行负能量采集计划的想法，当他得知震远等人全部前往宇宙援战时打算利用这个机会立刻转变战略，要求黑公爵顶替影刃王率部坚守剩下的魔军站点，直到把人间各据点现存的负能量全部转移到魔界为止再弃守人间全部撤回魔界暂作休整，为将来和远征魔界的众人作战积蓄实力。同时命令所有可用的魔将和自己的御林军大统领率部一起避开清剿据点的人类军队对人类尚存有负能量采集点的城市发起新一波的进攻，但目的不是侵略，而是用战争再次最大限度地制造负能量，争取在人间的采集点全部被摧毁之前再多收点负能量，把残余站点的作用发挥到最后一刻，一旦人类肃清所有采集点后就立即撤军。并让吸血鬼王和土神将军以制造合成恶魔的魔能科技打造一个代号污染者的魔将来破坏自然并想办法对付自然族势力及制造负能量，让海军提督和寒魔神集结剩下的魔军海军全部兵力尽速先消灭四海龙王，以扫清法力者和人类之外的周边势力，为最后的决战减轻压力。同时魔帝因为看到在上官震远的努力下人间大局逐渐稳定，光明力量再次兴盛，正能量在逐渐增多，继而打算放弃人间负能量采集场。魔帝心想负防局众人这次远征不会很快就能赶回来，他们在太空呆的越久，自己就有越多的时间来执行这些计划以弥补天网行动的损失。由于黑暗之门被封闭无法从中汲取能量，而魔界并不是所有部落都具有黑暗力量，因此魔帝只能回收原先一次入侵时期创造的黑暗造物，要求以魔能科技制造一个回收站，把黑暗军团中除魔界众将的军队之外的那些暂时用不上的自己从黑暗界带来的常规部队和以黑暗能量打造的黑暗造物进行回收，将回收后的负能量汇集到魔能壶中。但魔帝知道这种回收工作是不能可持续发展的，因为被回收的都是数量有限的不可再生资源，所以在执行回收工作的同时，魔帝秘密召见大统领和陆、空两军提督，要求他们从即日起将所有从冥界酆都枉死城和西方炼狱两界里秘密吸取的负能量全部汇入魔能壶，之前几千年采集的仍然秘密留存于王座之下，哪怕此举会暴露秘密采集的活动，也必须保证负能量采集计划在天网行动之后仍然能够继续甚至加速进行，哪怕是牺牲一些抗衡光明核心的胜算，也不能让主要的复出计划出差错。至于邪咒女王，因为她辖区的负能量采集最少，魔帝怀疑她私自窃取负能量但又因为女王宫殿被毁找不到证据，关键是天网行动多亏女王才得以暂时终止，可没想到震远居然如此快速地修复了互信纽带，因此也不能治她的罪，干脆就暂时不给她布置任务，间接地不再给她窃能的机会，以让其随时待命为由使其留在魔界。
众人粉碎异形体的进攻后，佩斯星联合舰队最高指挥官希尔将军接待了众人，他说他在星际探索时发现过人类向宇宙发射出的介绍地球和人类的信息，因此才会用人类语言给地球发送求救信号，毕竟地球也是他们目前所能找到的唯一有智慧生命的星球，他们已经观察人类多时，所以此次才向地球求援。震远向他们介绍了自己以及地球现在的情况后将军向他们详细描述这边的战况，由于佩斯星和异形体的战斗已经进行了一段时间了因而他们早已得知黑洞恶魔的存在，但他们始终无法破坏一个黑洞，因此他们能想到的唯一办法就是规避它。自侦测到黑洞恶魔后，佩斯星人就开始制造一个直径超级巨大的足以允许佩斯星通过的环形空间折跃门，并且以高端的科技改变星球的运行轨道使星球成为一个巨大的飞行器，在黑洞恶魔逼近前离开这个星系前往更遥远的地方，由于他们所在星系的恒星和太阳类似，因此在黑洞恶魔来临时由程序自动选择距离相对较远的合适的类太阳系设定行道让星球通过折跃自动前往，之后再围绕新的恒星重设星球轨道在另一个星系生存下去，如今这些工作都已完工，只要众人能守住佩斯星使其进入折跃门就可以化解危机。震远问他们既然和这些恶魔对抗几个世纪了，为何现在才求救，就在这时，从黑暗宇宙而来的以吞噬星球为生并不断制造异形体的体积庞大足以吞噬一切的黑洞恶魔即将抵达佩斯星，它已经得知了佩斯星的逃离计划，因此先派出一些巨大的精英异兽降临佩斯星地表企图摧毁佩斯星的作战指挥总部及地下核心，自己也全速前往意图吞噬星球。希尔将军说这就是原因，黑洞恶魔已经逼近了，我们无力应对，但我们近期发现地球上出现了一些具有强大灵力的人，于是向你们求援。此时黑洞恶魔即将临近，葛将军意图使用龙王舰的歼星粒子炮尝试破坏黑洞恶魔，却被黑洞将能量吸入体内，攻击以失败告终，众人只得按照佩斯星人的原计划进行，就在众人激战佩斯星时，地球上魔帝的计划正在实施，卡尔带天兵和卫戍区的兵力援战中国各地，六将军则全力援助世界各个城市，天维总部由于不在魔帝的攻击计划内因此非常安全，可这一切正中魔帝下怀，战争和士兵回收以及新采集点所产出的负能量反而让魔帝更快完成计划。就在这时发生了一件让各方所有人都意想不到的事情，佩斯星上由于众人和异兽的激战震动到了希尔将军指挥总部的电力系统致使其受损停电，为了应对突发状况设计师曾经设置了应急机制，当出现意外影响到选择程序时程序将自动定位在最后选择的那个星系并立即前往，而不幸的是停电时刚好选在地球所在的太阳系并已经开始折跃。希尔将军立即抢修电力系统并启动备用电试图终止折跃，但为时已晚，不仅已经折跃成功，而且有一个异兽已经钻入佩斯星地下的动力核心处企图破坏核心阻止星球离开，虽然众人追上并消灭了它，但动力核心已经遭到损坏无法进行星球航道变更和调节。这样一来就使得佩斯星按照进入折跃门时的运行轨道径直行驶，按照预计速度三天之内即将撞上地球，而更可怕的是黑洞恶魔居然也压缩身躯通过了传送门尾随佩斯星和众人来到了太阳系，地球面临撞击或被吞噬的双重巨大威胁。
希尔将军对此非常后悔，他没想到地球人好心前来援助他们而现在却是这样一个局面，但动力核心在地底深处很难抢修，虽然按理说三天内应该可以修复，然而究竟能否在撞击之前修复尚未可知，一旦无法变更轨道两大文明都将毁灭。而此时行星的迫近导致地球磁场紊乱，已经在世界各地引发了严重的自然灾害，震远接到兰羽的报告后果断决定让葛将军留在佩斯星继续抵抗黑洞恶魔，自己和天维众人乘坐佩斯星的穿梭机前往地球阻止天灾尽量减少损失，希尔将军也答应震远会尽全力抢修动力系统，尽量赶在撞击之前修正星球轨道。这时，魔军在人间的侵略行动也因天灾受阻，魔帝以魔眼观得这次情况非比寻常，此时不能再给法力者制造压力，一旦地球毁灭六界也将不复存在，自己即使得以存活也去了存在的意义，因此他终止了对人间的一切行动让魔军放弃人间所有据点并尽数返回魔界积攒力量，从此不再攻击人间转而全力巩固魔宫的防御，准备迎接众人远征魔界的同时间接地支持了法力者拯救地球的行动，如果人类可以化解危机必然也是有所损失，自己也可坐收渔翁之利。
地球上余下五位将军决心全力保障市民安全阻止天灾泛滥。六大军团各显神通，太极特战队以内力阻挡洪水，铁流军团的陆上战舰连起来阻挡泥石流，铁幕舰队的战舰也连成排集体抛锚并使灵能护盾过载以阻挡海啸登陆。五将军和星廉五人这些法力者也全部投入世界各国的抗灾行动中，以大法力化解灾害，卡尔则带领天兵部队在全国各地协助地方官兵四处救灾。震远等人也及时赶回地球救灾，白枫以白虎盾在龙卷风内制造反向旋风而将其驱散，震远大显神通以权杖二式和自身法力阻挡海啸，救灾过程中第三颗博爱光珠被点亮一半，震远的大爱也深深感染了星廉，让星廉在对他以及天维所有人的态度上有了很大的转变，星廉觉得也许魔家四将说的真的是对的，震远和他父亲也许真的不一样，因此两人关系逐渐暖化。影刃王因为还没想好怎么去面对魔帝而仍旧留在人间，他不忍看到人间因遭受天灾而生灵涂炭因而也参与救援协助震远等人阻挡天灾，虽然他救了很多人，但他在接触人类平民时却看到人人都害怕他憎恶他，回想起自己为了魔帝东征西战给人类心里留下巨大伤痕心里十分不是滋味，这也是几千年来他第一次和人类百姓接触。震远在佩斯星已经消耗了很多体力，刚刚又阻挡海啸体力不足，但他挡下一片海啸还有更多更大的海啸翻滚而来，就在这时影刃王拔出刀刃帮助力量虚弱的震远劈开海啸，事后震远说他能和大家一起救人说明他是个是非分明、心存善念之人，他现在是看到天灾让生灵涂炭，那魔帝的黑暗战争带来的巨大浩劫就没有让生灵涂炭吗，自己知道影刃王他从没有杀戮过平民，但无论是百姓还是士兵都是生命，侵略战争永远都不会是正义的，不论是出于什么目的，他也是一个魔界的大圣，希望他能好好想一想，如果还有热忱的心就应该坚持到底。虽然当时他仍然以成就大业就必然会有牺牲为理由，但之后结合自己黄河决战的失败和刚刚人类对他的感受，促使影刃王开始了对战争的反思，无论出于什么目的侵略总是错误的，而且战芸这次也说他的忠诚让他成为魔帝的杀戮机器，只不过一直不敢承认予以回避而已，以为自己不亲手杀人就可以心安了，其实都是自己的自我安慰罢了，虽然自己的目的不是杀戮，但为了魔界更好的未来还是无可奈何地还要进行侵略。影刃王很想在人间多帮忙一些，但他没有机会了，邪咒女王为了准备政变之事又开始了新一轮的计划，她抓住了影刃王协助众人和人类的这个小辫子回去向魔帝告状，意图借魔帝之手除掉影刃王这个自己未来政变道路上一个棘手的敌人。魔帝虽然不反对影刃王帮助抵挡浩劫但对他和众人的接触非常不满，认为他有叛变倾向，遂下令他立即回来，影刃王接到命令得知自己是躲不过去了，告诉震远自己决定服从命令回去面见魔帝，震远知道他这也是军人职责忠于其主，这本无可厚非，但这并不能成为黑白不分的理由，魔帝就是想以黑暗吞噬一切，他这样是助纣为虐的愚忠，建议他好好想想，别再跟着魔帝祸害人间了。影刃王这次没有再说一句话就这么离开了，但他没想到等待他的将是魔帝无情的流放。
自然灾害依旧持续，不解决根本问题只是一味阻挡是没用的。此时在地面上都已经可以直接看到佩斯星了，为了保全人类，安理会决定以最新研制的代号为“毁灭者”的足以炸毁行星的超级核弹炸毁逼近的佩斯星，先阻止最近的撞击威胁再想办法对付黑洞恶魔，军委会特意让战毅到天维去通知震远这一决定以示尊重。天维总部里众人还在讨论着如何阻止撞击的办法，战芸说如果现在星神法力的继承者在的话也许可以用操控群星之力阻挡佩斯星，可其他法力者都已经浮出水面，而这个人到现在还没有任何线索。战毅前来告知情况后包括六将军在内所有人都大为震惊，震远生气安理会甚至没有问过他的意见就如此决定了，可战毅说至少他们让我来通知你，这已是对你足够的尊重了。震远说先不说毁灭佩斯星是不人道的，再说即使炸了佩斯星地球还是逃不过被后面的黑洞恶魔吞噬的命运，我们在佩斯星已经试过了，以负防局的力量根本无法阻止黑洞恶魔，而且葛将军还在佩斯星上援战，还请战毅回去想办法让安理会撤销这个命令，自己一定会想到办法阻止撞击的，但战毅说电脑测算过很多次，二十八小时后两星就会相撞，安理会也想寄望于法力者，可大家都知道你们到现在还没有行动说明你们根本没有办法阻止撞击，至于葛将军安理会会通知他回来，这也是没有办法的办法，希望震远理解。震远当然能够理解安理会的这一决定，毕竟如果是自己在这种情况下被逼到最后一定也会作此决定，战毅走后，为此事战芸和震远在办公室争执起来，战芸认为震远变了，难道为了保护人类就可以不惜一切吗，震远说感情用事解决不了问题并让她理智点，自己并没有变，两星相撞被毁灭的不仅仅是人类和佩斯星人，而是两颗星球上所有的生命，所有的一切。他也希望能够保全佩斯星，但相对而言他更希望保全地球，而且身为负防联军的总帅，自己的职责本就是保护人类，保护天下苍生，如果两者只能选择其一，那作为人类，他最终还是会选择牺牲佩斯星来换取地球的安全。战芸虽然也知道是这个道理，但还是问震远难道就没有两全其美的办法吗，震远说现在离发射还有一段时间，尽我们的所能吧，既保全地球，也不让佩斯星毁掉。布莱克看这次是个机会，他在安理会想办法劝各位委员让负防局担任核弹的发射任务，因为他知道以震远的为人他一定会想办法保全两大文明所以一定会设法抗命，这样自己就可以借此把他拉下来，而且明眼人都会知道自己这样做是给震远争取拯救佩斯星的机会，以掩饰自己的真实目的。战毅来电告诉震远安理会让他发射核弹，众人都不知道安理会为何要这么做，战毅说是卡尔父亲布莱克怂恿安理会的，他一定是想给你一个机会来阻止悲剧发生，你要抓住这个机会。震远认为即使炸毁佩斯星地球仍然不能逃过黑洞恶魔的吞噬，而黑洞恶魔既然是以吞噬星球为生而且可以到处移动说明它是个生命体而并非真正的黑洞，我们可以把核弹射向黑洞恶魔然后引爆，而且它离佩斯星很近且就在他后面，既不会因为航道问题引起怀疑，也不会违抗命令，还可以保住佩斯星同时又可以借核弹巨大的破坏力从内部消灭黑洞恶魔，至少为地球消除了被吞噬的威胁，至于怎么阻止撞击，我们只能再想办法了。
本来一切都按照震远的计划进行，但不想安理会居然秘密派遣了监工来监视震远发射，直到看见佩斯星爆炸为止，这让大家陷入困难境地，这回真的只能发射到佩斯星了。其实监工是布莱克以监督震远发射到地方为由说动安理会秘密地派去的，既可以通过安理会掩饰自己，又是一招阴险的双刃计，如果震远最终没能违抗命令真的发射到佩斯星，那就会让不知道安理会派去监工的外人对震远有机会而不拯救佩斯星的行为产生看法，降低其影响力；如果震远最终还是执着地想办法做手脚，那安理会就会立刻得知而治震远的罪，至少也要被停职检查，自己夺权的机会就来了。最终震远还是发射了核弹，但他为了阻止核弹抵达佩斯星呼唤权杖光明核心的帮助，权杖积极响应，震远金光护体乘坐杖杆上四极龙的精魄所化的一条金龙直上九天冲破大气层进入太空。此时黑洞恶魔已经在不断释放异形体空军，震远用黄金光束远程突破重围，并以金龙缠绕住核弹，双手托住核弹飞行，引导其转向绕过佩斯星飞进黑洞恶魔嘴里炸毁其本体，终止了异形体的不断产出并彻底摧毁了这个宇宙恶魔。震远来到佩斯星指挥部询问希尔将军何时能够变更轨道，得知核心动力源即将抢修完成后决定多为他再争取点时间。震远再次借助权杖光明核心的太古神力获得了金光加护的千丈肉身，在身躯巨大化后向行星施展大法力试图让其减速，光明核心感受到震远的牺牲精神，博爱光珠被完全点亮，加强了震远的法力，佩斯星的移动速度居然慢下来了。就在震远支撑不住的时候，希尔将军及时修复轨道两星脱离。震远的行为已经被全球的卫星转播到了世界各地，他也因此举而受到了全球人民的尊重和爱戴。最后希尔将军也如愿来到地球，他被这美丽的星球深深吸引，震远请他参观了天维基地，将军表示佩斯星人愿意和地球人结为星系友邦，出于对负防局众人的感谢给了震远一个通讯装置可以随时和自己取得联系，在得知魔军的事情后他表示一旦震远他们有需要，自己会立即带领佩斯星联合舰队赶来支援。