当时史密斯还是名特工之时他的实力以及权限就非常厉害，而现在他变成病毒就连机械帝国的boss以及设计师都无法阻止他，更何况如果剧情没有较大的改动的话，现在史密斯也已经把先知同化了。可以说他现在的实力要比第二部要高了不止一倍，但即使这样程毅依旧不怎么怕他，当然说的是在现实中。
母体中，现在的史密斯和尼奥一样两人都可以随意改动母体中的代码组成，所以在母体世界这两人简直就是如同天神般的存在。即使是已经修炼的内力和轻功的程毅在母体中也不是二人的对手。但是如果是在现实中那程毅就有信心完爆两人，这也是他敢在伪装成贝恩的史密斯面前说出真相的原因。
不过目前的情况就是程毅无法把这个情况告诉众人，关于这个地方是剧情一个非常重要的转折点，一旦被改变可能连头后面的剧情都会变得扑朔迷离，到时候这个空间的人以及程毅完成任务的情况都会变的极其糟糕。所以程毅索性什么都不干坐等剧情的发展。
榔头号在各个废墟之间来回穿梭不停的寻找拉歌斯号和奈奥比的下落，程毅对船上的各种操控都不熟悉而且榔头号上的人手也很充足完全没必要要他一个新手来帮忙，于是程毅便一个人在船上溜达起来。
路过尼奥的房门时程毅看到尼奥坐在床上发呆于是便上前打招呼。
“嗨！尼奥，怎么了？想什么呢？”程毅走进屋里问道。
“哦！你好，毅！崔尼蒂对我说关于的你的一些事，我还要对你说声谢谢！”尼奥笑着对程毅说道。
程毅摆了摆手，说道：“不用，我们都是朋友，朋友之间是不用说这些的！而且能帮助救世主我很荣幸！呵呵！”
“救世主吗？”听到程毅说出这三个字，尼奥立刻变的有些低落。
程毅在他身边坐了下来，问道：“尼奥？你是在犹豫或者说是迷惘嘛？”
尼奥并没有回答程毅的话，而是反问道：“毅，如果……我是说如果，如果你是救世主面临着现在的状况你应该怎么做？”
“你就是在为这个犹豫吗？”程毅说道，然后又想了想说道：“如果我是救世主，我是不会想太多东西的，我只要知道我是在保护谁？值不值得？就行了！保护自己的家人爱人，怎样能达到这个目的我就怎么做？至于其他的嘛？我才不想多问呢！”
“保护自己的亲人爱人？”尼奥念叨着这句话。
“是的！没错！”程毅坚定的说道：“尼奥，我不知道你在弥漫或者害怕什么，但是你只要知道你做的事只要能保护好你的家人和爱人就行了！”
程毅说这些话时情绪有些激动，他知道尼奥后来会为了人类的生存和史密斯同归于尽，虽然他很想阻止尼奥的死亡但是他却不能，因为现在的他还没有实力能改变这些，尼奥如果不那样做这个世界的人类就会全部灭亡，程毅以前为了自己的公平和真理杀了好多人，但是他并不后悔。唯一感到遗憾的是当初他自己的家人，尼奥现在面临的很可能和当初的他一样，所以程毅才会如此激动的尼奥说出这样一番话。
尼奥抬起来头脸上也渐渐有了表情，他对程毅说道：“谢谢你！毅，你说的对！我只要能保护我家人，我的爱人，做什么我都不会后悔！”
“恩！必须的！如果有那么一天你需要冒着生命危险去做这些事，我一定会毫不犹豫的去帮你！”程毅也对尼奥说道。
尼奥感动的看着程毅：“谢谢！真的很感谢你！”
就在两人“深情”对视时，立刻突然出现在尼奥的门前打断了两人的对话。
“嗨！毅尼奥，快一起出去！”林克气喘吁吁的说道。
“怎么了？”尼奥问道。
“榔头号发下了拉哥斯号！”林克解释道。
“好！我们走！”三人立刻走出去。
三人来到榔头号的操控甲板上，墨菲斯罗兰船长等人都来到了这里。墨菲斯看到三人赶来只是简单的点了点头便继续关注着屏幕。这时屏幕上已经显示出拉哥斯号的船体，它并没有发动静静的躺在一片废墟之中。
墨菲斯对榔头号的接线员说道：“热能探测是否发现生命迹象？”
接线员对着屏幕观察了一阵，然后说道：“没有长官，目前还没发现任何生命迹象！”
“飞船本身怎么样？”罗兰船长问道。
“全息图像表明船体完好！”
罗兰船长立刻下令：“马上降落，派人到炮台待命！”
“是！船长！”榔头号稳稳的降落在地面上。
罗兰船长又说道：“以最快的速度全面检查和分析那艘战舰！”说完便和墨菲斯向出口走去，程毅等人也都拿着电磁炮跟了出去。
舱门打开后，榔头号的几位船员手持电磁炮在周围警戒。程毅墨菲斯和林克上前对拉哥斯号惊醒探索。
这时榔头号的一位船员提醒道：“要小心，长官！电子乌贼非常狡猾，也许这只是个陷阱！”
墨菲斯拿着探照灯走在前面，程毅和林克个拿一只电磁炮在后面小心戒备。程毅他们也发现在船体四周都这几只已经被打坏的电子乌贼，经过一番检查发现几只电子乌贼已经没有危害。
就在这时突然在废墟深处出现几声异响，众人立刻举起手中感到电磁炮。
“什么声音？”
“你们可以放下枪了，伙计，他只是需要充电！”这时从废墟里传来一个女人的生意，下一刻便看到走出两男一女三人。
墨菲斯看到来人也是松了一口气：“奈奥比！”
“墨菲斯！”来人正是榔头号等人一直寻找的奈奥比等人。
“你还好吗？”奈奥比看着墨菲斯问道。
墨菲斯点了点头，回答道：“是的，我很好！我们不知道到底发身了……对不起！”墨菲斯为了尼奥让奈奥比等人陷入危机，对此他一直非常自责！
“没什么？见到你我也很高兴！”奈奥比说道：“你们带回了一个很厉害的新人，而且救出了尼奥！”
“是的，你怎么知道？”墨菲斯问道。
奈奥比回答道：“先知说的！在我们遇到电子乌贼之前。”
墨菲斯又问道：“他说了什么？”
“和以前一样！”奈奥比说道：“都是我需要的消息！”
这时程毅走了过来，开口说道：“船长，奈奥比长官很抱歉打扰两位的对话，但是现在我们必须快点离开这！”
“好的！毅！谢谢你的提醒！”墨菲斯对着程毅说道。
奈奥比看了看程毅，问道：“你就是墨菲斯的新船员，那个很厉害的新人？”
“呵呵！您过奖了！奈奥比船长!我们还是快点回到船上把！”程毅谦虚的说道。
于是三人回到了榔头号上，拉哥斯号也连上了插头准备充电。而这时拉哥斯号上也待了一名接线员准备为这艘战舰充电做准备。
“砰！”一声响声之后，拉哥斯号开始充电。
“好的，已经连接，我现在开始调试网络！”榔头号号上的接线员说道。
“一切顺利，只是……”拉哥斯号上的电脑上绿色的代码突然变得非常不稳定：“母体的代码似乎变得非常不稳定！”
“不，没什么！我们看到的都一样！”榔头号的电脑也出现了同样的状况。
“那到底出了什么事？”拉哥斯号接线员问道。
林克看着那些错乱的代码开口说道：“不管是什么，都不是什么好事！”